Miasto zostało zbudowane od podstaw w latach 60. XX wieku według całościowego planu architektonicznego greckiego architekta-planisty Konstandinosa Doksiadisa, zgodnie z jego teorią ekistyki. Celem było zastąpienie Karaczi jako stolicy kraju. Przeniesienie miasta stołecznego ówczesny prezydent Muhammad Ayub Khan tłumaczył chęcią bardziej równomiernego rozłożenia rozwoju Pakistanu, który był wtedy skupiony w rejonie Karaczi. O budowie stolicy zdecydowało również położenie geograficzne. Od 1966 roku Islamabad jest miastem stołecznym i siedzibą władz politycznych kraju.